De vuelta en mi juventud (es decir, estudiante universitario), te habría contado genómica y plegamiento de proteínas. Diablos, hice ARN plegable durante varios años y actualmente estoy financiado por una subvención de genómica. Podríamos usar la ayuda.
Sin embargo, donde realmente podríamos usar la mejora es el desarrollo y la estandarización de algunas herramientas básicas de investigación en biociencias.
Así es como funciona actualmente el mundo del software científico.
- Estudiante de posgrado comienza a trabajar en un proyecto
- Los fondos de los estudiantes de posgrado se están acabando y él (s) necesita graduarse
- El estudiante de posgrado rápidamente reúne su código y lo coloca en un sitio web
- El sitio web se publica en el número anual de NAR Web Server Issue
- El graduado se gradúa y obtiene un buen trabajo bien remunerado en Wall Street o un trabajo de baja remuneración como postdoctorado
- El sitio web nunca más se toca y ahora solo funciona en IE6.
Hay muchas metodologías y algoritmos buenos por ahí. Sin embargo, en la prisa de graduarse, la mayoría de este software es terrible e indocumentado . Un buen ejemplo es un software que personalmente escribí: HiTRACE. Soy un programador bastante pobre con poca o ninguna formación formal en CS. Sin embargo, este es el software de análisis de ARN de vanguardia. Para ilustrar los problemas de tener un código de escritura científico, lea La diferencia entre el código científico y el código del programador .
Solo en el raro caso en que el alumno se convierta con éxito en profesor o el software se convierta en el alma de un laboratorio, seguirá sobreviviendo. BLAST, Folding @ Home y Rosetta / Fold.it son ejemplos poco comunes en los que grandes equipos dedicados se dedican a mantener y actualizar los servidores y garantizar la existencia y supervivencia continuas del algoritmo.
En cuanto al resto, se vuelven obsoletos. Aquí hay una lista “breve” de software de uso común Lista de software de Bioinformática
¿Qué es mejor usar la medicina ayurvédica para la diabetes o la insulina?
¿Qué medicina homeopática o ayurvédica debo tomar para aumentar mi poder sexual?
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¿Hay algún remedio efectivo para la pérdida del cabello, preferiblemente herbal o ayurvédica?
Hace un año, estaba intentando una predicción de estructura ab initio . Para tener un buen comienzo utilicé la Lista de software de predicción de estructura de proteínas de Wikipedia. Lamentablemente, algunos de estos programas no se han actualizado en años.
Aquí están algunos ejemplos:
- seq2struct última actualización 9/06
- ESyPred3D última actualización 9/02
- PHYRE2 Protein Fold Recognition Server última actualización 2/11
- FUGUE 4/07
- HHpred 08
- psipred 5/12
- FoldX 08
- YASSPP 5/07
- NAST 8/10
- MC-Fold | MC-Sym 8/09
- Entrenamiento condicional 08
- RnaViz 2/03
(Actualización, traté de usar ProtorP, que fue un servidor creado en 2009 y funciona muy bien. Ya no existe cuando tuve que hacer algunos cálculos el otro día).
Está realmente desactualizado. Los secuenciadores ABI 3100 CE (el caballo de batalla de la secuenciación de ADN del día siguiente) aún se ejecutan en Windows NT y no se pueden actualizar. Tuve que usar una unidad Zip para extraer mis datos.
Modernizar todo este software sería de gran ayuda para la comunidad científica. Un buen modelo a seguir sería Warren Lyford DeLano. Warren se graduó con un doctorado en Biofísica de UCSF y trabajó en el importante tema de las interacciones proteína-proteína. Sin embargo, su mayor contribución nos ha estado dando PyMOL.
Se como Warren. Danos otro PyMOL.
