Depende del tipo de desnaturalizante que sea. Los enlaces disulfuro pueden romperse en condiciones reductoras donde el enlace acepta electrones de otro grupo y forma tioles. Eso también explica por qué los enlaces disulfuro son menos prominentes en el citosol porque el citosol es un ambiente reductor.
Un desnaturalizante como SDS no rompe los enlaces SS. La forma en que funciona la molécula es uniéndose a lo largo de la estructura terciaria y secundaria de la proteína y acentuando la molécula, rompiendo los enlaces de hidrógeno y otras interacciones no covalentes.