¿Puedo usar gráficas de psi-phi (ramachandran) y predecir un sitio de unión en una proteína?

Probablemente no. Los diagramas de Ramachandran son útiles para captar estructuras secundarias en una proteína usando ángulos de torsión, pero no pueden proporcionarle ninguna información sobre la conformación de un sitio particular en una proteína. Para esta cantidad de información estructural, necesitará datos estructurales cristalográficos o de fase de solución de RMN a una resolución lo suficientemente alta como para resolver la densidad de electrones alrededor de las cadenas laterales. En base a estos datos estructurales, puede usar simulaciones de dinámica molecular (utilizando un software de acoplamiento como AutoDock Vina) para predecir el sitio de unión y la afinidad de unión relativa de un ligando. ¡Espero que esto ayude!