Este problema se encuentra a menudo en la investigación proteómica basada en la espectrometría de masas (EM), ya que en la EM las proteínas o los péptidos se miden según su relación masa / carga ( m / z ). Significa que si las isoformas de proteínas o péptidos que llevan la misma carga no están completamente separadas, estarán presentes a la misma m / z . Si los iones en este m / z se seleccionan adicionalmente para el análisis en tándem de MS, se obtendría un patrón mixto de fragmentos de iones y podría inducir a error la búsqueda de la secuencia proteica cadena abajo en la base de datos. En la proteómica de abajo hacia arriba, este problema es incluso dramático, dado que las proteínas extraídas se someterán a digestión proteolítica y producirán una mezcla compleja de péptidos.
Para evitar que esto ocurra, varias técnicas de separación se pueden acoplar a MS para ofrecer una mayor potencia de resolución para el aislamiento de isómeros. Los métodos de electroforesis en gel (GE) y cromatografía líquida (LC) son ampliamente adoptados en este sentido. De acuerdo con la complejidad de sus muestras, puede ser necesaria una separación multidimensional (por ejemplo, 2DGE) o técnicas con mayor poder de resolución (UPLC, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubm…). Además de las dimensiones de separación antes de MS, la espectrometría de movilidad iónica diferencial (DIMS, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/…) se puede colocar en MS entre el generador de iones y el analizador de masas para que sirva como filtro de iones. que puede distinguir los iones isobáricos. El principio general de estas técnicas es ofrecer un entorno particular que divida los analitos en función de sus propiedades físicas y químicas características (por ejemplo, distribución de carga, conformación, afinidad de unión a ligandos, etc.).
Qué métodos usar dependen en gran medida de sus propósitos analíticos y los tipos de isómeros que tienen sus muestras: 1) isómeros de secuencia: permutación del mismo grupo de residuos; 2) regioisómeros: posiciones variantes de las mismas modificaciones postraduccionales (fosforilación, glicosilación); 3) péptidos que contienen aminoácidos isómeros, por ejemplo, leucina y soleucina; 4) estereoisómeros: péptidos que llevan centros quirales. Las soluciones para distinguir estos isómeros se han propuesto en los dos documentos mencionados anteriormente.
