Biofísica, estadística, informativa …
Biofísica puede incluir: tamaño, peso molecular, hidrofobicidad, carga neta, PI, longitud, aromaticidad, alifatismo …
por ejemplo: ExPASy – documentación de ProtParam
Estadística: n-grams, frecuencia de aminoácidos, propensiones de AA (secuencia como señal de tiempo) …
Informativo: autocorrelación, entropía, análisis de señal, etc. ‘
Tengo una buena descripción de los métodos que usamos en los artículos ML para proteínas en los artículos mismos (y también puedes ver el código fuente) – NeuroPID y ProFET
Artículo de ProFET: ProFET: la ingeniería de funciones captura funciones de proteínas de alto nivel.
Código fuente de ProFET: https: // github .com / ddofer / ProFET
NeuroPID (Artículo):
Dan Ofer y Michal Linial NeuroPID: un predictor para identificar precursores neuropéptidos de proteomas metazoarios. Bioinformática (2013) doi: 10.1093 / bioinformática / btt725
NeuroPID: un predictor para identificar precursores de neuropéptidos a partir de proteomas metazoarios.
NeuroPID NAR: NeuroPID: un clasificador de precursores de neuropéptidos
