El artículo de Wikipedia, en particular su sección sobre la bioquímica y el mecanismo de toxicidad, es bastante bueno. En resumen, el mecanismo es endocitosis mediada por receptor.
Agregaría lo siguiente a la descripción de Wiki: Me enseñaron que la unión de la cadena pesada de la toxina dimérica a GT1b, un gangliósido que se encuentra en las membranas nerviosas terminales y el receptor en esta interacción, localiza la acción de la toxina en los terminales colinérgicos. La inhibición resultante de la liberación de acetilcolina causa la parálisis flácida que se observa en el botulismo. Cf. tetanospasmina y tétanos para la parálisis espástica, que surge de la inhibición de la liberación espinal / bulbar de GABA.
Todas las neurotoxinas clostridiales se dirigen a proteínas similares (SNAREs), pero los resultados patológicos diferentes de los terminales nerviosos específicos a los que cada uno se localiza.
Puede ser instructivo mirar la clase de toxinas bacterianas AB para una descripción más amplia de sus mecanismos de absorción.