El mayor escollo es simplemente la dificultad de hacer el diagnóstico de manera oportuna. No hay una sola prueba o criterio de diagnóstico, muchas anormalidades de la prueba asociadas con LES son inespecíficas, los síntomas pueden variar o incluso desaparecer con fluctuaciones de la enfermedad, y muchos de los síntomas comunes no son específicos de LES ni incluso de trastornos autoinmunes. Muchos pacientes con LES (y aquellos con otras enfermedades autoinmunes, como la esclerosis múltiple) sufren años de errores y no diagnósticos antes de recibir tratamiento.
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