Numéricamente, la mayor parte de la energía libre se asocia con el enlace de hidrógeno (fuerza de van de Wasls) de las moléculas de agua en el sistema. La unión de una histona al ADN puede implicar el desplazamiento de moléculas de agua unidas a la superficie tanto de la histona como del ADN. Esta “deshidratación” también cambia la constante dieléctrica del espacio confinado. La mayoría de las estructuras cristalográficas de rayos X no muestran moléculas de agua. Es posible que pueda encontrar estructuras de histonas: complejos de ADN con un número limitado de moléculas de agua como parte de la estructura.
