Las interacciones hidrofóbicas son muy poderosas dentro de una célula. Por lo general, promueven el plegamiento correcto del polipéptido en una estructura terciaria funcional con los residuos hidrofóbicos que interactúan dentro del núcleo de la proteína lejos del entorno acuoso en el que se encuentra la proteína.
Sin embargo, no es raro que las regiones hidrofóbicas de una proteína estén expuestas en la superficie si es necesario para i) la función de la proteína, ii) la construcción de complejos multiproteicos con regiones hidrofóbicas de otras proteínas, o iii) la localización de la proteína en el interior la célula, generalmente adyacente a una membrana.
En el caso de las proteínas de membrana, en realidad es poco común que las regiones hidrofílicas de la superficie de la proteína queden incrustadas dentro de la membrana.
