La estructura 3D plegada de las proteínas está mediada por varias interacciones de unión que incluyen enlaces de hidrógeno, interacciones carga-carga, interacciones de van der Waals y enlaces de cistina.
En primer lugar, una acidez excesiva puede hacer que H + reduzca los enlaces de cistina, de modo que RSSR ‘se convierta en R-SH HS-R’.
En segundo lugar, la acidez excesiva puede causar que los aminoácidos básicos como la lisina y la asparagina pierdan su carga negativa a través de la protonación y pierdan la capacidad de participar en las interacciones carga-carga.
Cuando estos enlaces débiles que mantienen juntas las cadenas de aminoácidos se rompen, la proteína se desnaturaliza.