Me gustaría ir con Python. Es fácil de aprender y tiene una enorme comunidad de usuarios. Hay varios paquetes de bio como biopython que son una ventaja añadida. He estado trabajando en biología de sistemas desde hace 6 años y uso Python desde el principio. Sirve bien.
Otra opción para ir sería MATLAB. Tiene muchas cajas de herramientas relacionadas, una extensa documentación y una vasta comunidad de usuarios. Pero es un paquete comercial.
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Python es una buena opción si desea utilizar Machine Learning en medicina. R es otro idioma utilizado en este campo.
Pero la medicina tiene más campos donde se usan otras herramientas. Un ejemplo es Business Intelligence, donde las herramientas utilizadas son Microstrategy u Business Objects.
También puedes hacer microcontroladores para robots y luego el idioma es C
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