Como dijo otro respondedor, un tendón generalmente conecta un músculo con otro y un ligamento conecta el hueso con el hueso. Normalmente digo que el tendón rotuliano conecta la rótula con la tibia, por lo que técnicamente debería llamarse ligamento.
De lo contrario, no hay mucha diferencia. En algunos casos, cada uno puede sanar si se rompe y luego se inmoviliza. En otros casos no.