Puede probar el metatesaurus UMLS en el Instituto Nacional de Salud. Debes registrarte para acceder, pero es gratis.
También de NIH es RxNorm. Esta base de datos tiene todos los medicamentos y sus términos relacionados en varios vocabularios de farmacia. Es probable que necesite una base de datos relacional para jugar con ella, pero proporcionan scripts para cargar los datos en MySQL u Oracle para ayudarlo.