Si tuviera que adivinar, es probable que protonicen todos los nucleófilos para estabilizar el producto farmacéutico. El HCl es el más simple y seguro ya que la base conjugada es solo sal de mesa.
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Esto ya no es una suposición, la forma de sal del fármaco tendrá todas sus aminas protonadas, lo que es bueno para la estabilidad de la oxidación y la solubilidad en agua. También recristaliza mejor. Además, la forma de sal tiende a tener una temperatura de fusión muy limpia, lo que es excelente para el control de calidad. [1]
[1] http://groups.google.com/group/s…
