La fisiopatología de SA aún no se identifica adecuadamente. A priori es diferente de las enfermedades autoinmunes, enfermedades del reconocimiento del “Ser bioquímico” donde existen anticuerpos dirigidos contra los malos objetivos que pertenecen al organismo. Nada como eso en la SA. Esta enfermedad está estrechamente relacionada con la presencia del antígeno HLA B27. Pero esto no es una sensibilización del sistema inmune a esta molécula. Las características bioquímicas de B27 podrían interferir con la función normal de la célula: anomalías del plegamiento de proteínas o formación de homodímeros que impiden la presentación normal de antígenos y acentúan la inducción del fenómeno inflamatorio celular, en particular la producción de IL23.
Si esta hipótesis es correcta, SA más bien sería una enfermedad autoinflamatoria que una enfermedad autoinmune. Es decir, es causada por una excesiva excitabilidad de la inflamación celular normal, particularmente en las proximidades de la entesis (anclajes de las estructuras periarticulares en los huesos), más que por la producción de anticuerpos anormales.
Como todos los portadores de B27 no tienen la enfermedad (B27 está presente en el 8% de la población), se requieren cofactores desencadenantes. Estos pueden ser agentes microbianos específicos, y la microbiota intestinal es el primer sospechoso (asociación de SA con enfermedades inflamatorias intestinales). También parece que las anomalías de la permeabilidad intestinal facilitan la penetración de ciertos gérmenes (o sus antígenos).
Al final, la SA es una de esas enfermedades que son trastornos insidiosos, de origen multifactorial (con cócteles de diferentes causas según la gente), lo cual es muy molesto para eliminar el origen. La política actual es hacer los ajustes personalizados necesarios para que la enfermedad permanezca inactiva, utilizando múltiples herramientas que van desde antiinflamatorios estándar hasta bioterapia. Los tratamientos son notablemente efectivos, en la medida en que una SA que sigue siendo dolorosa a pesar de la administración adecuada probablemente no sea una de ellas, o padezca otra causa asociada, la primera de ellas es la fibromialgia.