Puedo responder la primera parte de tu pregunta.
¿Puede un sustrato interactuar con el sitio alostérico de una enzima?
La respuesta es sí. Durante los primeros años de mi investigación doctoral, trabajé con una enzima llamada nucleótidasa citosólica-II de la legionela pneumophila. El trabajo publicado se puede encontrar aquí. La enzima actúa sobre el sustrato GMP, con GTP como un activador alostérico. Sin embargo, dado que GMP es estructuralmente similar a GTP, también actúa como un activador alostérico. Esta propiedad se llama activación de sustrato alostérico.
Para la segunda parte de tu pregunta.
¿Puede cambiar la forma de la enzima para que el sitio activo sirva otro tipo de sustrato?
Ciertamente me gustaría buscar tal enzima y actualizaré esta respuesta si la encuentro. Pero por ahora, los activadores alostéricos cambian el sitio activo de una enzima de tal manera que su afinidad o tasa catalítica aumenta.