El C-terminal y el N-terminal se escriben típicamente a la izquierda, al igual que el extremo 5 ‘del ADN y el ARN. Por convención, porque esta es la parte que se sintetiza primero en transcripción y traducción. Pero no es necesario, y si lo modifica cuando escribe la secuencia o estructura, eso no cambiará lo que es. Simplemente lo dibujamos así por convención, porque eso es más fácil para nosotros. Sin embargo, esto es principalmente cierto cuando tenemos proteínas más grandes, y / o escribimos la secuencia usando abreviaturas de aminoácidos de letra única o triple. Claro, a veces también cuando dibujamos las estructuras, pero esto es menos importante (ya que dibujamos los grupos funcionales, y luego puedes ver lo que está allí, en lugar de tener que saber que el que está más a la izquierda tiene un grupo amino libre y el derecho la mayoría tiene un grupo carboxilato libre). Aunque para estos dos, dado que se “doblan” debido al puente disulfuro, los terminales N y C a menudo están a la “izquierda”, uno está justo encima del otro (ver, por ejemplo, la imagen en la página wikipedia de Oxitocina)
¡Pero! Lo que quizás hayas notado es que hay un grupo -NH2 en ambos extremos de estas dos hormonas peptídicas. Lo que se ve en el extremo carboxi (donde tienes la glicina) se llama amidación C-terminal. En general (tal vez siempre, no estoy seguro), una amidación C-terminal es el resultado de la escisión enzimática de una proteína precursora más grande, donde el siguiente ácido amino (“donante” del grupo amino) es generalmente la glicina. La escisión enzimática corta el péptido para que el grupo amino del próximo aminoácido permanezca unido al carboxi-carbono.
Así que respuesta corta, si dibuja la estructura real, no importa qué final es de qué lado. Pero para algunas proteínas / péptidos, hay un grupo amino en el carboxi-carbono. Sin embargo, este sigue siendo el C-terminal. Y para muchos péptidos que tienen que “plegarse” para ser representados con la estructura (debido, por ejemplo, a brudges disulfuro), los extremos terminales C y N tendrán que dibujarse en el mismo lado para representarlo adecuadamente.
