El alanine gratis no lo es, realmente. El grupo amino y el grupo carboxilo lo hacen bastante hidrofílico, como lo ilustra el hecho de que su solubilidad en agua es superior a 150 g / l.
Pero cuando categorizamos los aminoácidos, generalmente estamos hablando de sus cadenas laterales. Esto es lo que los hace distintos entre sí, y además los grupos amino y carboxilo ya no son libres e ionizables cuando los aminoácidos se incorporan en las proteínas.
La cadena lateral de Alanina es un grupo metilo. Que, al estar compuesto solo de carbono e hidrógeno, es bastante no polar y por lo tanto hidrofóbico. Las proteínas tenderán a plegarse para que las cadenas laterales de alanina no se expongan al agua, aunque el efecto no es tan fuerte como con las cadenas laterales hidrofóbicas más grandes, como las de leucina y fenilalanina.
