El fluconazol mata los hongos que están causando una infección al interferir con sus membranas celulares. Funciona al evitar que los hongos produzcan una sustancia llamada ergosterol, que es un componente esencial de las membranas celulares de los hongos. La interrupción en la producción de ergosterol hace que aparezcan agujeros en la membrana de la célula fúngica.
Las membranas celulares de los hongos son vitales para su supervivencia. Evitan que las sustancias no deseadas entren en las células y evitan que el contenido de las células se filtre. Como el fluconazol causa agujeros en las membranas celulares, los constituyentes esenciales de las células fúngicas pueden filtrarse. Esto mata los hongos y trata la infección.
El fluconazol se usa para tratar varios tipos diferentes de infecciones por hongos y levaduras, particularmente las causadas por Candida o Cryptococcus especies de hongos.