ChIPSeq es un grupo de metodologías para estudiar las proteínas de unión a ADN u otros factores que se asocian con el ADN o la cromatina.
ChIP significa InmunoPrecipitación de Cromatina. El flujo de trabajo básico es aislar los núcleos (dejando la cromatina lo más intacta posible) y luego unir covalentemente las proteínas al ADN. Luego, la cromatina se corta por sonicación o se digiere enzimáticamente para obtener pequeños fragmentos adecuados para la secuenciación. Entonces, se usa un anticuerpo contra la modificación específica de proteína o proteína para reducir la proteína unida al ADN; la reticulación se invierte y el ADN se purifica.
El flujo de trabajo original era ChIP-chip: los fragmentos de ADN purificados se marcaron e hibridaron con un microarray, para identificar las secuencias diana. Esta fue la forma en que se hizo hace unos 10 años.
Hoy en día, la forma de hacerlo es tomar el ADN, hacerlo más adecuado para la secuencia agregando los adaptadores apropiados para formar bibliotecas que se pueden cargar en instrumentos de secuenciación profunda, como el HiSeq 2500 de Illumina.
Las lecturas de secuenciación se asignan de nuevo al genoma y se identifican los picos. Los picos son regiones donde se produce la acumulación de secuencias, lo que indica áreas del genoma en las que se unió la proteína de interés (generalmente un factor de transcripción o modificación de histona).
En general, ChIPSeq se realiza para encontrar diferencias en la ocupación del factor de transcripción o marcas de histonas en células de diferentes tipos (por ejemplo, células tumorales frente a células normales, o en células tratadas con algún fármaco o agente frente a controles no tratados).
La parte más difícil es la parte IP; si los anticuerpos son muy buenos y la unión es específica, los datos estarán limpios y será fácil encontrar los picos de unión bioinformática. Si el anticuerpo no es bueno, los datos serán ruidosos porque el fondo será más alto.
Wikipedia tiene un buen artículo con diagramas: http://en.m.wikipedia.org/wiki/C…
El proyecto ENCODE (http://genome.ucsc.edu/ENCODE/) ha publicado algunas pautas para ChIPSeq hace un par de años (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/…).