La verdadera causa del queratocono no se conoce en realidad, pero está comprobado que el frotamiento repetitivo de los ojos puede ser un factor causante, por lo que desaconsejaría hacerlo.
Existe evidencia de un componente genético del queratocono, por lo que realmente, si es correcto, no hay muchas medidas preventivas que se puedan tomar por desgracia.
