La solubilidad de una proteína depende de su composición de aminoácidos y de qué tan bien los aminoácidos en el exterior de la molécula pueden interactuar con la sustancia que se disuelve. Si la proteína tiene muchos aminoácidos hidrófobos en el exterior, no se disolverá bien en agua. Si tiene aminoácidos principalmente hidrófilos, se disolverá bien. Lo opuesto será cierto si intentas disolverlo en algunos solventes orgánicos.
También puede depender de cualquier otra cosa que se disuelva, especialmente los cationes. Muchas proteínas tendrán una carga neta negativa, por lo que los iones con carga positiva neutralizarán esas cargas negativas y permitirán que la proteína se disuelva más fácilmente.
El tamaño tiene solo un efecto pequeño, con porciones más grandes que se disuelven más lentamente, pero el tamaño no tiene casi el efecto de la composición de aminoácidos y la localización de aminoácidos.
