Algo de eso es pura aleatoriedad, como Justin Ma ya sugirió. Pero en algunos casos la evidencia muestra que la enfermedad es un efecto secundario de algún rasgo que proporciona beneficios o resistencia a otra cosa.
Un ejemplo bien conocido es la anemia de células falciformes: el beneficio es una mayor resistencia a la malaria para aquellos con una copia del alelo. Otro que no debería ser demasiado difícil de adivinar es que los blancos tienen algo así como diez veces la incidencia de melanomas en los negros (y más melanoma que cualquier otra raza, aunque el múltiplo es menor en comparación con los asiáticos), con la ventaja de ser mejor producción de vitamina D en las latitudes del norte, y por lo tanto, menos raquitismo.
Una estadística relacionada pero ahora histórica fue que las mujeres blancas tuvieron aproximadamente un 50% más de defectos en el tubo neural (espina bífida) antes de que la suplementación con ácido fólico se generalizara, nuevamente debido a la piel más pálida, lo que resulta en la degradación del folato con la exposición solar.
Hay otros casos en los que tenemos excelentes razones estadísticas para creer que debe haber alguna ventaja para una variante en particular, porque parece tan perjudicial que * debería * haberse eliminado del conjunto de genes. La fibrosis quística es un caso como este. Los homocigotos tienden a morir jóvenes, por lo que para que el alelo mutante alcance la frecuencia que tiene, debe haber habido una ventaja significativa para los portadores heterocigotos. Pero no sabemos con certeza de qué se trata, probablemente la resistencia a otra enfermedad de algún tipo.
Finalmente, por supuesto, las personas que han tenido una exposición prolongada a algún patógeno van a ser menos propensas a la enfermedad resultante que aquellos que nunca la han encontrado.