Esta diferencia surge porque donan sus electrones en diferentes puntos a la cadena de transporte de electrones.
NADH dona sus electrones al primer complejo enzimático, que es el complejo NADH deshidrogenasa, mientras que FADH2 dona sus electrones al segundo complejo enzimático, el complejo succinato deshidrogenasa.
Esto cambia la cantidad de protones bombeados de las mitocondrias por molécula de NADH y FADH2, que a su vez deciden la cantidad de ATP producidos.