¿Dónde podemos encontrar las anotaciones funcionales absolutamente correctas de las proteínas?

Buena suerte: has encontrado un problema de larga data en bioinformática.

UniProt tiene calificadores en las predicciones funcionales que se pueden utilizar para aventar la mayoría de las predicciones. Pero también es fundamental recordar que muchas funciones verificadas experimentalmente faltan en UniProt. Como buen ciudadano bioinformático, siempre es bueno enviarles consejos sobre la información faltante, pero es un poco de nadar contracorriente.

Periódicamente surgen bases de datos que intentan resolver el problema, a menudo con algún enfoque. Tal vez tengan una ontología elegante para que la evidencia pueda evaluarse más rigurosamente. Pero, en última instancia, parece que todos estos factores se debilitan debido a la falta de apoyo financiero a largo plazo y la incapacidad de salir del problema de la captura de anotaciones que exige mucha mano de obra en la literatura.

De manera realista, es probable que desee examinar cualquier otra base de datos que sea relevante para su área de interés y obtener sus anotaciones. Luego fíltralos manualmente. Si realmente te centras en un tema, nunca he encontrado una solución mejor que el curado manual de tu propio conjunto de proteínas confiables. Eso es mucho trabajo, por lo que deben valer la pena.

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No podrá encontrar las anotaciones funcionales “absolutamente correctas” de proteínas porque todavía es un área de investigación activa. En otras palabras, nadie sabe las anotaciones correctas todavía porque todavía se están investigando.

Un buen lugar para comenzar a obtener la información más relevante que se conoce hoy en día es la página del proyecto 1000 Genomes en 1000 Genomes Project Publications. Este es el análisis funcional de los genomas, pero dado que la mayor parte de la funcionalidad de un genoma es la expresión de proteínas, es muy relevante para la proteómica.

Otro gran recurso es el Proyecto Proteoma Humano en The Human Protein Atlas y GO anotaciones. Si desea datos rápidos de GO para sus proteínas, una herramienta muy buena es Blast2GO.

Espero que ayude.

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