¿Hay proteínas que no pueden ser segmentadas por las caspasas?

Sí. Las caspasas (proteínas cisteína-aspártico) solo rompen los sitios de escisión específicos con una cisteína y aspartato. Por ejemplo, Caspase-3/7 segmentan preferentemente los sitios DQVD y los sitios DQVA básicamente no se escinden (en las moscas de la fruta esto es cierto, no han revisado otras especies pero la ruta apoptótica es básicamente la misma). Por lo tanto, las proteínas sin estos sitios de escisión no serán segmentadas por las caspasas.