¿Cuáles son los argumentos más convincentes a favor y en contra de la hipótesis de la higiene?

Aquí hay una muy buena visión general más reciente (2010) de H. Okada et al en Inmunología Clínica y Experimental, que vale la pena leer:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/…
y aquí hay un podcast de una interesante entrevista que Kathleen Barnes dio en 2011 sobre Scientific American sobre el tema:
¿Puede ser malo estar demasiado limpio ?: La hipótesis de la higiene

En contra:
todas las pruebas son epidemiológicas (las vemos juntas pero no hay pruebas directas de causalidad) o experimentales (p. ej. en ratones y ratas que desarrollan más diabetes tipo 1 hasta en un 100% cuando se crían en un ambiente libre de patogénesis).

Por:
-cuanto más hermanos tenga un hijo (más posibilidades de contraer infecciones virales), si fuera a la guardería (lo mismo), si se criaron en una granja donde se llevaban a cabo la agricultura o la cría de animales protegían al niño que desarrolla asma , fiebre del heno, pero también diabetes tipo I, esclerosis múltiple
-cuando más alto es el estrato socioeconómico en el que se cría el niño, más posibilidades tiene de desarrollar asma y diabetes tipo I
las infecciones por gusanos protegen contra el asma
-antes de la unificación alemana en 1989, el este tenía más contaminación del aire, sin embargo, los niños allí tenían menos asma en comparación con el oeste con aire mucho más limpio.
-en niños expuestos al virus de la hepatitis A, había menos enfermedades atópicas, como asma y eccema.
-el tratamiento con Taenia suis (una especie de solitaria) ayudó a los pacientes con enfermedad inflamatoria intestinal como la enfermedad de Crohn y la colitis ulcerosa sin efectos secundarios.

Este es un acceso libre, artículo de texto completo de BMJ (2000):
la primera década de la ‘hipótesis de la higiene’