¿Cuáles son las ventajas y desventajas de continuar con la residencia médica en Alemania?

“¿Por qué los médicos alemanes emigran a otros países de la UE?”
Porque probablemente estén mejor pagados allí. Emigran una vez que han completado sus estudios, no antes.

Desventaja:
Si no dominas el alemán (tu gramática debe ser la de un nativo, y debes conocer los nombres populares de órganos y enfermedades), entonces olvídate de Alemania. Creo que no serás admitido como residente médico.