Los dientes pueden tener diferentes manchas (extrínsecas: café, té, humo, vino tinto, fluorosis intrínseca, otras enfermedades sistémicas que inducen manchas) y acumulaciones bacterianas (placa, cálculo). 
Manchas 
Cálculo
Es genial que te estés cepillando bien y tratando de mantener un gran higiene oral. No ha mencionado nada sobre sus visitas dentales previas y con qué frecuencia visita a su dentista. Por lo tanto, con los detalles mínimos proporcionados y sin complicaciones para usted, creo que está lidiando con una acumulación de cálculo aquí. El cálculo es una placa dental que se endurece aún más con las sales de calcio y magnesio en la cavidad oral. Tiende a adherirse a los dientes y no se desprende al cepillarse.
Por lo tanto, se recomiendan visitas dentales regulares (semestrales) para una limpieza profunda y se requerirá un mayor mantenimiento de su parte. 
Estaría encantado de responder más si tienes más preguntas.
Gracias por el A2A.