Eché un vistazo a su sitio web, y usan el término “marcadores” de manera diferente que la mayoría de las personas en el descubrimiento de biomarcadores de cáncer. Yo llamaría a sus marcadores “características” en su lugar. Esencialmente, todo lo que hace que un espectrómetro de masas produzca un pico de intensidad durante un momento dado en el tiempo de retención y en la relación masa-carga recibe el nombre de “marcador” en su literatura de comercialización. Eso es bastante expansivo. Esencialmente, cualquier laboratorio puede impulsar este tipo de recuento de “marcadores” mediante el uso de un analizador de masas de alta resolución (como un Orbitrap u otro FTMS), empleando un instrumento con una velocidad de exploración rápida, empleando separación multidimensional (no solo fase inversa). cromatografía líquida pero una separación adicional aguas arriba de ella), o mediante la adición de separaciones de movilidad iónica antes del análisis de masa.
El problema en la investigación de biomarcadores no es tener un gran número de características, sino más bien determinar cuáles son significativamente diferentes. Si estás midiendo 300,000 marcadores potenciales (usando el número de tu pregunta) y usas un valor de p de corte de 0.05, encontrarás 15,000 marcadores que difieren en ese nivel de importancia solo por casualidad al azar. Corrección para comparaciones múltiples puede ser capaz de lidiar con el problema si ha medido suficientes muestras, pero en general, una encuesta de biomarcadores grande incluye cien o más individuos, por lo que tiene más características que está comparando que muestras. Siempre necesitamos más personas.
El hecho de que algo produzca un pico en la espectrometría de masas no significa que sea una entidad biológica significativa. Yo y muchos otros en este campo sostenemos que un ion diferencial solo es significativo si se identifica su origen. Si, por ejemplo, supiéramos que un ion diferencial representa un péptido particular que lleva una glucosilación, podríamos aprender la significación biológica de ese péptido modificado. Un pico que difiere es solo un pico que difiere hasta que uno lo ha identificado.
En general, existe un problema al mapear diferencias significativas en experimentos de descubrimiento (por ejemplo, 150 nódulos pulmonares para personas que tienen cáncer de pulmón en etapa temprana o un granuloma de una infección pulmonar) a la aplicación que realmente desea (por ejemplo, un análisis de sangre para pulmón cáncer). Somos bastante buenos para encontrar proteínas que difieren entre cohortes de muestras, en realidad, pero ¿cuáles de esas proteínas son biomarcadores clínicamente utilizables que se pueden detectar en la sangre? Bueno, eso es un desafío completamente diferente. La mayoría de los estudios de biomarcadores se desvanecen al tratar de cerrar esa brecha.
