Todos los virus usan hosts de células. Esos hosts son necesarios para proporcionar la maquinaria celular para que los virus se reproduzcan. No conozco ningún virus que sea específico para las células madre. Virus – Wikipedia
También hay algunos patógenos bacterianos que pueden ser intracelulares. El clásico es Mycobacterium tuberculosis. Mycobacterium tuberculosis – Wikipedia M. tuberculosis es fagocitada por los macrófagos alveolares (pulmón). Una vez más, no conozco ningún patógeno bacteriano que use células madre como huésped.
Tampoco conozco ningún patógeno que ingiera microbios más pequeños. Eso sería bacterias comiendo virus.
Bacterias, hongos y virus