Estrictamente hablando, las compañías farmacéuticas no externalizan la investigación de descubrimiento, pero sí se asocian con grupos académicos, compañías biotecnológicas y otras farmacéuticas. Este tipo de colaboraciones generalmente caen bajo la rúbrica de “Alianzas Estratégicas”, y son responsables de un número cada vez mayor de programas de medicamentos en tuberías farmacéuticas. En algunas compañías, más del 50% de sus programas no se originaron internamente, sino a través de estas alianzas.
Por ejemplo, GSK tiene un programa académico llamado Discovery Partnerships in Academia (DPaC). Sanofi y otros tienen programas colaborativos similares diseñados para apoyar programas de biología y química con socios académicos. Además, todas las farmacias tienen colaboraciones de descubrimiento temprano con compañías farmacéuticas y biotecnológicas de terceros. Hay conferencias de asociación como BIO y EDC que están diseñadas para ayudar a fomentar alianzas entre empresas. Las compañías farmacéuticas tienen grupos S & E (Búsqueda y Evaluación) que son responsables de identificar posibles colaboradores. Los grupos de desarrollo empresarial son responsables de crear alianzas entre empresas, y los grupos de gestión de alianzas tienen la tarea de ayudar a la empresa a darse cuenta del valor de la alianza.
En los programas de desarrollo (investigación clínica), las compañías farmacéuticas pueden trabajar con CRO (Contract Research Organizations) para manejar la gestión de ensayos clínicos. También pueden licenciar la investigación de otra compañía, y llevarla a través de ensayos clínicos, si los hallazgos iniciales son lo suficientemente convincentes.