Sí, algunos antibióticos pueden causar inapetencia en un gato.
Los antibióticos son conocidos por tener todo tipo de efectos secundarios y todos los efectos secundarios que influyen en el sistema digestivo o el sentido del gusto o el olfato pueden tener un efecto en el consumo de alimentos de los gatos.
En mi experiencia (aunque eso no significa que sea una verdad general), la medicación que influye en el sentido del olfato tiene el mayor efecto.