Ya sea a través de la respuesta inmune, o a través del daño a los tejidos que están siendo infectados. Algunos de los síntomas más graves en realidad son causados por la respuesta inmune. Por ejemplo, un número significativo de muertes por H5N1 ocurre en personas con los sistemas inmunológicos más sanos y una reacción llamada tormenta de citoquinas. Otras veces, el daño principal proviene de la destrucción de tejido, como en el ébola, donde la destrucción del tejido endotelial causa los principales síntomas. Sin mencionar las infecciones más graves, el malestar febril y la fatiga son causados por respuestas inmunes.
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