¿Cómo identificarías y cuantificaría las diferentes proteínas liberadas de una célula?

La respuesta depende de la cantidad de proteínas que está tratando de perfilar. Si solo tiene tres proteínas, tiene la proteína en forma purificada para usar como patrones, y si existen anticuerpos para los tres, el ELISA puede usarse para determinar las concentraciones de proteína en una placa de 96 pocillos [1].

imagen de [2]

Este enfoque se vuelve sustancialmente más difícil si está tratando de determinar las concentraciones relativas de miles de proteínas. Una opción es usar electroforesis bidimensional en gel. [4] En la electroforesis en gel 2D, las proteínas se separan primero en una tira que contiene un gradiente de pH. Esto da como resultado una separación de proteínas por su punto isoeléctrico (enfoque isoeléctrico).

La tira se coloca a través de un gel normal para separar las proteínas por SDS-PAGE. El resultado se ve así:

imagen de [5]. Cada punto en teoría corresponde a una proteína y se puede cuantificar para dar un resultado en términos de concentración. La electroforesis en gel 2D es una técnica notoriamente difícil que es propensa a muchos problemas, especialmente en la etapa de análisis. Esta es una razón por la cual los niveles de ARN generalmente se usan para estimar los niveles de expresión de proteínas en el genoma en lugar de intentar determinar las concentraciones de proteínas directamente.

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