Un antígeno es una secuencia molecular que es reconocida por ciertos receptores superficiales del sistema inmune.
La forma más típica de antígeno es una secuencia de proteína corta (péptido). Un ejemplo: las células T reconocerán el antígeno como una secuencia de 7-20 aminoácidos conjugados con una molécula MHC de otras células; este péptido generalmente se derivará de una proteína dentro de las células o fuera de ellas (usando diferentes vías).