¿Cuáles son algunas proteínas que fueron diseñadas en novo?

Hay 16 enumerados en el documento a continuación que han tenido sus estructuras verificadas.
Un enfoque basado en la evolución para el diseño de proteínas de Novo y el estudio de casos sobre Mycobacterium tuberculosis

El requisito para ser incluido en la lista fue 1) la mayoría de los residuos tuvieron que ser modificados, las mutaciones de solo unos pocos residuos no contaron 2) la estructura tenía que ser razonablemente compleja: tres haces de hélice y otras estructuras simples, que son mucho más fáciles de el diseño no se contó 3) las estructuras tenían que ser monoméricas (esto era en parte una restricción del software de predicción de estructuras)
Dos de las proteínas diseñadas se cristalizaron más tarde (CISK-PX (estructura cristalina del dominio PX diseñado a partir de quinasa de supervivencia independiente de citoquinas e implicaciones en la ingeniería de proteínas basada en la evolución) y tiorredoxina). También ha habido algunos más desde la publicación de ese documento (Diseño de proteínas con una función de energía estadística integral y potenciado por selección experimental para la capacidad de plegado).

En cualquier caso, aunque esta no es una lista completa, los números son bastante pequeños, mucho más pequeños de lo que la gente parece pensar.

Códigos PDB
1lq7A
1mj0A
1p68A
1qysA Top7
1vjqA
2a3J U1A
2a3dA
2cw1A
2juaA
2jvfA
2kl8A
2ln3A
2ltaA
2lv8A
2lvbA
2qyjA
3b83A

Top7 fue la primera proteína diseñada con un pliegue nunca antes visto. Fue diseñado por el grupo de David Baker en 2003. Su grupo ha continuado trabajando en esto y ha visto un GRAN éxito. Para obtener más información sobre este tema, lea la página en annualreviews.org para una discusión más detallada.

Algunas personas llevaron a cabo un rediseño computacional de la proteína U1A humana y terminaron cambiando 65 de 96 aminoácidos de la construcción original.

Página en sciencedirect.com