Hay docenas de diferentes tipos de células madre. Estos varían en la capacidad de hacer tejidos desde las células madre embrionarias totipotentes (ESC) hasta las células satélite unipotentes (1 tipo de tejido) en el músculo esquelético. Las células satélite solo pueden formar nuevas fibras musculares esqueléticas. Hay células madre en el feto.
Las ESC se encuentran en la “masa celular interna” de los días 5-7 de los blastocitos humanos (5-7 días después de la concepción). En las células madre adultas se encuentran en casi todos los tejidos. Las células satélite se encuentran entre la membrana celular de la célula muscular y la membrana basal que rodea la fibra muscular. Las células madre hematopoyéticas (HSC) residen en la médula. Las células madre cardíacas residen en el corazón. Las células progenitoras endoteliales (CPE) (una célula madre) circulan en el torrente sanguíneo. Las células madre mesenquimales (MSC) (aunque ya no se consideran células madre) se encuentran en la médula ósea, la grasa, la pulpa dental, el cordón umbilical, la placenta, etc. Las células madre neurales (NSC) se encuentran en el cerebro. Las células madre bulbo olfativas, como su nombre lo indica, se encuentran en el bulbo olfatorio.
Hay menos conocimiento sobre dónde, exactamente , en las células madre del tejido residen. Como se señaló, la ubicación de las celdas satelitales es conocida. Las células madre del folículo piloso se encuentran en la base del folículo piloso. Las células madre intestinales se encuentran en la base (cripta columnar) de las vellosidades intestinales.
Se sabe menos acerca de la ubicación exacta en la médula ósea de las HSC, o en el cerebro de los NSC, o en el tejido de las MSC. Muchas personas sospechan que las MSC son una población de células de tejido conectivo perivascular (también llamadas pericitos).