Sí, puedes ajo cocido y sí, sus efectos sobre la salud disminuirán un poco. Aquí hay un buen artículo de SF Gate de Amber Olsen sobre el tema.
http://healthyeating.sfgate.com/…
Dicho esto, diferentes verduras reaccionan a los cambios de temperatura (calefacción Y congelación) de manera diferente. Aquí hay un buen artículo sobre ese tema.
http://mobile.nytimes.com/blogs/…
Por cierto, corte la parte superior de una bombilla de ajo, rocíe aceite de oliva sobre ella, envuélvala en papel de aluminio y hornéela a 400ºC durante 30 minutos. Cuando se haya enfriado, puede exprimirlo de cada diente y extenderlo sobre el pan (será de color pardusco). Muy suave y muy sabroso.
Por doble motivo, estoy de acuerdo con un comentarista en que el ajo crudo es saludable y delicioso en una miríada de formas.