¿Cuál es la densidad de la etiqueta DNase I?

Mira la bonita captura del navegador genoma. Las tres pistas de señalización de señalización marcadas como “Sg” representan la densidad de la etiqueta DNAse I en una ubicación particular en el genoma humano para tres tipos de células.

La densidad de etiqueta es la acumulación de fragmentos digeridos con ADNasa I clonados individualmente en una posición genómica particular. La altura y el ancho del pileup de señal representan una medida de cómo “abrir” la cromatina en relación con otras posiciones u otras celdas.

En este ejemplo, las células MCF7 (arriba) tienen una señal muy fuerte mientras que las células Th17 (abajo) tienen una señal insignificante.

La instantánea del navegador del genoma hg19 de UCSC corresponde a la posición chr9: 137,269,442-137,273,826 en el extremo 5 ‘de una transcripción del gen RXRA . Se muestra la acumulación de señal sin procesar de hipersensibilidad a DNAseI y los “puntos críticos” predichos para muestras de tres células en el proyecto ENCODE humano.

Bueno, lo más importante con la biología de la cromatina, si no me equivoco es comprobar cómo la estructura de la cromatina afecta la expresión de los genes. DNase-seq es un método para determinar qué genes son activos o no dependiendo de su estructura de cromatina. Se ha demostrado que los sitios reguladores de genes son ricos en secuencias de reconocimiento de ADNasa I, por lo que en lugares donde los genes activos se producen debido a una conformación de cromatina abierta, se puede encontrar una mayor densidad de etiquetas DNasa1 mientras se realiza un ensayo de ADNasa. Por lo tanto, cuanto mayor sea la densidad de la etiqueta DNasa 1, es más probable que la cromatina en esa área esté en una conformación abierta manteniendo el gen activo.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1356136/pdf/0123.pdf