FokI es una enzima de restricción tipo IIS, lo que significa que corta en un lugar distante de su secuencia de reconocimiento: la especificidad de FokI se ve así, las flechas marcan los sitios de corte: 
Esto está en marcado contraste con lo que parece un sitio de enzima “vainilla” de tipo II (el tipo más utilizado para la clonación): 
Esta diferencia está impulsada por el hecho de que las enzimas de tipo II tienen actividades de reconocimiento y escisión de ADN en el mismo dominio (obsérvese que los cortes están dentro de la secuencia de reconocimiento), mientras que las enzimas de tipo IIS tienen dominios de escisión y reconocimiento separados. Esto hace que las enzimas IIS sean ideales para las nucleasas con especificidad de ingeniería, debido a sus funciones modulares y separables. Los ZFN usan un dominio de especificidad de ingeniería (la parte del dedo de zinc) fusionada a un dominio de nucleasa (el dominio de nucleasa de FokI, habitualmente). Para cambiar la especificidad de la enzima, todo lo que necesita hacer es cambiar el dominio del dedo de zinc, en lugar de tener que diseñar una proteína completamente nueva, lo que significa que puede generar bibliotecas completas de cortadores específicos, siempre que sepa cómo diseñar el dominio de especificidad según sus especificaciones.
Por lo tanto, las ZFN no retienen la especificidad de FokI, y tampoco están diseñadas para mantener su comportamiento. Native FokI es en realidad un dímero, donde una subunidad mella una hebra del ADN cadena abajo de su secuencia de reconocimiento, mientras que la otra mella aguas arriba: las dos mellas muy próximas provocan un doble hebra. Los ZFN suelen diseñarse para que cada subunidad se corte aguas abajo, de modo que dos secuencias de reconocimiento separadas flanquean el sitio de corte final. Esto mejora drásticamente la especificidad de las ZFN, ya que se necesitan dos secuencias de reconocimiento a una distancia definida y una orientación relativa entre sí para cortar el ADN.
