Existe una técnica de secuenciación profunda llamada “análisis paralelo de la estructura del ARN“. Básicamente, tomas el ARN total y agregas la nucleasa S1, que escindirá los ARN monocatenarios. (Puede hacer lo contrario con RNasa V1 que escinde ARN de doble cadena). Si su ARN no es demasiado raro, entonces es posible que pueda obtener algunas lecturas de él.
Referencia:
Wan et al. Paisaje y variación de la estructura secundaria de ARN a través del transcriptoma humano. Nature 505, 706-709 (30 de enero de 2014)
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