¿Cómo distorsiona o rompe una enzima los enlaces de los sustratos?

Todas las reacciones químicas van desde un estado inicial para los dos reactivos hasta un estado final de los dos productos (generalmente el estado de partida es el estado fundamental, pero en algunas reacciones químicas, especialmente las reacciones fotolíticas, puede estar involucrado un estado excitado). Pero en todos los casos, la reacción se produce a través de un estado de transición en el que los electrones son libres de reordenarse. Establecer este estado cuesta energía y el estado de transición es casi siempre un estado de energía más alto que los estados inicial y final. La función de los catalizadores es interactuar con el estado de transición de una manera que dé como resultado la reducción de la energía del estado de transición. Como las enzimas son catalizadores, eso es lo que hacen. La forma en que esto ocurre varía de un caso a otro, las diferentes enzimas tienen diferentes mecanismos y cada clase de enzima debe estudiarse por separado a fin de dilucidar qué mecanismo está operando en esa clase. La información de los estudios de enzimas cinéticas es muy útil combinada con el conocimiento de la estructura tridimensional de las enzimas y su sitio catalítico. Las herramientas computacionales como QM / MM son muy útiles en este contexto.