RT-PCR, suponiendo que esté trabajando con ARNm, le proporcionará copias de cDNA de cualquier transcripción de ARNm que esté presente en la célula. Eso le dirá qué proteínas se expresan en esa celda en particular en ese momento en particular.
De cualquier forma, la RT-PCR amplificará el ARN basándose en los cebadores que tenga en la muestra. Como mencionó que está tratando de encontrar el contenido de ARN de la célula, me imagino que el ADNc se está amplificando con cebadores tetrámeros aleatorios. Esto dará como resultado que todo el ARN de la muestra se amplifique por igual, estadísticamente hablando, es decir.
Dependiendo de sus condiciones de ciclismo, utilizando cebadores aleatorios, convertirá su ARN en ADNc, y eso se puede usar en alguna otra aplicación posterior, como qPCR o análisis de microarrays.