La fiebre amarilla produce una enfermedad parecida a la gripe y tiene el mismo efecto en la vida diaria que la gripe, es decir, prácticamente impide que haga algo. No hay ictericia en esta etapa. Aproximadamente 5 de cada 6 personas no tienen más problemas, pero el resto desarrolla fiebre recurrente e ictericia y aproximadamente 1 de cada 5 muere, aunque en brotes individuales la mortalidad puede ser mucho mayor.
Existe evidencia limitada de que el tratamiento temprano con algunos medicamentos antivirales puede mejorar la supervivencia.
