¿El modafinil ocurre en la naturaleza?

No, fue creado por humanos.

Wikipedia dice que fue inventado en Francia por Michel Jouvet y Lafon Laboratories, y que inicialmente fue el metabolito aislado de un fármaco anterior, adrafinil. Fue patentado por primera vez en 1990, aunque adrafinil había existido desde la década de 1970.

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Modafinil
Adrafinil