Respuesta corta: es una carrera armamentista, como la mayoría de las cosas en biología evolutiva. Esto se lleva a cabo principalmente en el suelo, una batalla entre microbios. Entonces hay criaturas que sintetizan químicos que golpean a sus competidores, y hay competidores que sobreviven a esos químicos un poco mejor que el promedio y dejan más descendientes. Y luego el productor de antibióticos modifica su producto químico para dañar un poco más a los insectos resistentes. . . repite unos trillones de veces y:
Esa es la evolución.
Es de suponer que hubo muchos microbios en el camino que no pudieron hacer frente a los antibióticos producidos por sus competidores; bueno, esos microbios estarían extintos, o restringidos a ambientes donde sus competidores productores de antibióticos no pueden sobrevivir por otras razones.