La similitud en los nombres es engañosa. La profilaxis es cualquier cosa (medicamento o vacuna) que se administre antes de un incidente en anticipación de una potencial desgracia. Antibióticos profilácticos antes de la cirugía o vacuna profiláctica contra la varicela, etc.
La anafilaxia es una reacción inmune grave a cualquier droga o sustancia química, incluso biológica, que produce un choque instantáneo y posiblemente la muerte si no se trata. Es una respuesta ilógicamente hiperinmune a un estímulo por lo demás simple: alergia a la penicilina o anafilaxia a la picadura de abeja, etc.