En general, la biología sintética y la bioquímica aplicada difieren en los medios utilizados.
Típicamente, la biología sintética se refiere a la síntesis artificial de biomoléculas usando medios químicos.
Por otro lado, la bioquímica aplicada se refiere a la purificación de biomoléculas de fuentes naturales (por ejemplo, animales).
Por ejemplo, la insulina para diabéticos solía estar completamente purificada de animales usando bioquímica aplicada. Alternativamente, el profesor Wang Ying-lai y su equipo fueron los primeros en ser capaces de sintetizar químicamente la insulina cristalina utilizando la biología sintética.