¿Hay proteasas que reconozcan aminoácidos no naturales?

Depende de lo que quieras decir con aminoácidos antinaturales. Las proteasas rompen los enlaces peptídicos, sin importar lo que esté unido a los aminoácidos. Siempre que haya un enlace peptídico, se dividirá. Si te refieres a aminoácidos extraños, las proteasas no los reconocen, simplemente los digieren sin importar qué.